Créé par la loi du 28 pluviôse an VIII, le préfet incarne la permanence de l'État dans le département. Nommé par décret en conseil des ministres, il est le représentant direct du Premier Ministre et de chacun des ministres. A ce titre, il dirige l'ensemble des administrations civiles de l'État dans le département (à l'exception de l'éducation nationale, des tribunaux, des services fiscaux et de l'inspection du travail).

Sous l'autorité de Gérard Gavory, préfet de la Vendée les services de la préfecture et des sous-préfectures remplissent cinq missions essentielles :

• la sécurité des personnes et des biens
• le service au public et la délivrance des titres
• le respect de la légalité et de l'État de droit
• l'intégration sociale et la lutte contre les exclusions
• l'administration du territoire et le développement économique

Il est secondé par le Secrétaire général de la préfecture, sous-préfet de l'arrondissement de La Roche-sur-Yon, sous l'autorité de qui sont placés l'ensemble des services et directions de la préfecture, à l'exception du cabinet.

Il est assisté dans ces missions par les sous-préfets :

• Nadia Seghier, sous-préfète de La Roche-sur-Yon, secrétaire générale de la préfecture de la Vendée
• Yann Le Brun, sous-préfet, secrétaire général adjoint de la préfecture de la Vendée
• Jean-Pierre Balcou, sous-préfet des Sables d'Olonne
• Nicole Chabannier, sous-préfète de Fontenay-le-Comte
• François Charlottin sous-préfet, directeur de cabinet du préfet de la Vendée

et les chefs de services déconcentrés de l'État et les services de la préfecture.